これまでの牧場物語とは違い、今作ではRPGのようにダンジョン探索においてモンスターを倒すという概念が登場した。モンスターは仲間に入れると、牧場を手伝ってくれたり、副産物（乳や卵）を生産してくれたりする。また任天堂が展開するニンテンドーWi-Fiコネクションにも対応している。設定資料とオリジナルコミックが掲載された「プロローグガイド」が予約特典として配布された。オープニングにはフルアニメーションとテーマ曲、ゲーム中にはキャラクターボイスが入った。
時間
1週間は月、火、水、木、金、祝の6日で、5週あるため、1ヶ月は30日。1年は春の月、夏の月、秋の月、冬の月の4ヶ月。主人公はAM6:00に起床し、農耕や探検を行なう。就寝時間に特に決まりは無く、いつでも眠ることが出来るが、寝不足にならない為にAM0:50以前に眠るのが普通である。AM1:00以降も起き続け作業を行なうことができるが、AM6:00になると強制的に家に戻される。またその場合は起床後、ステータス異常「疲労」状態になり、ルーンポイントの消費量が倍になる。
ヒットポイント
ゲーム中ではHPと表示され、モンスターに攻撃されたり、毒を受けたりすると減る。またルーンポイントがなくなった時に行動すると、代わりにヒットポイントが消費される。自宅のベッド、風呂屋、アイテムなどで回復できる。HPが0になると、通常は病院に運ばれ、翌AM10:00まで寝込むことになるが、洞窟内でHP0となった場合は死亡とみなされ、ゲームオーバーとなる。
ルーンポイント
ゲーム中ではRPと表示され、農具や剣を使用する等、道具を使う行動をする事で消費される。自宅のベッド、風呂屋、ルーン、アイテムなどで回復できる。ヒットポイントは主人公のレベルを高めていくことで最大値が上昇していくが、ル−ンポイントの最大値は100ポイント固定である。
ルーン
今作では作物を育てると作物９マスにつき1つの「ルーン」が発生し、これに触れると「ルーンポイント」を25ポイント回復できる。ルーンポイントは農具や剣を振ると消費されるため、ダンジョン内で作物を育てればRPを回復しながら進むことができる。
戦闘システム
戦闘はアクションRPGのシステムを使用している。モンスターは洞窟内に仕掛けられた「シフト」と呼ばれる召喚装置から呼び出され、この装置を破壊しない限りモンスターは無限に召喚される。装置は一度破壊しても、洞窟の外に出て再び入ると復活している。洞窟最深部のボスの部屋に入るためには、洞窟内の全ての装置を破壊しないと入れないので、この「シフト」を破壊しつつ洞窟内を一気に進んでいくのが目的となる。なお、主人公は「タミタヤの魔法」がかけられた武器（もしくは農具）を使用する。この魔法がかけられている武器で召喚されたモンスターを倒しても死ぬことは無く、「はじまりの森」と呼ばれる土地に還元される設定となっている。
モンスター
今作では従来の家畜の代わりにモンスターと仲良くなってモンスター小屋で飼うようになった。まずはモンスター小屋を建て、「なかよしグローブ」でモンスターを捕まえる。モンスターに話しかけ、収穫の手伝いや水まきをお願いする。また一部モンスターは副産物（乳、羊毛、卵、ハチミツ）を生み出してくれる。洞窟探索に同行させたり、一部のモンスターは背中に乗って走ることもできる。
結婚システム
ヒロイン候補達と会話したりプレゼントを渡したりするとラブ度が上がり、ラブ度を最高にした上でキャラ別の条件を満たせば結婚ができる。結婚後もプレイでき、その後子供を授かることができる。ヒロイン候補は11名。
WiFiシステム
ニンテンドーWi-Fiコネクションに接続すると、「おえかきチャット」や「アイテム交換」、撮影したプレイ画像を送る「牧場自慢」ができる。また撮影したプレイ画像にメッセージを書き込むこともできる。
■NDS■ルーンファクトリー -新牧場物語-
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